Dosyada, örgütün akademik yapılanması irdelendi. Örgütün eleman yetiştirmek konusunda akademilere yöneldiği vurgulanan iddianamede, FETÖ’nün özel üniversitelerinin haricinde kamu üniversitelerinde de bir yapılanmaya gittiği anımsatılarak, yapılanması şu şekilde anlatıldı: “FETÖ elebaşısının talimatı ile tüm kamu üniversitelerini ele geçirmeye çalışan örgüt, Yüksek Öğretim Kurumu (YÖK) örgütlenmesine paralel bir yapı olarak kendi örgütlenmelerini her üniversitede oluşturmuşlardır. Üniversitelerde; üniversite, fakülte, yüksekokul ve enstitü imamları olarak yapılanmış olup, bu bünyeler içerisindeki örgüt üyeleri bu imamlara bağlı olarak örgütsel faaliyet yürütmüşlerdir. Işık Evlerinden, dershanelerden yetiştirilen öğrenciler örgütün istediği bölümler için üniversiteye hazırlanmış, üniversite sınavlarında bu bölümlere girebilmeleri için her türlü sınav yolsuzluğu yapılmıştır.’’
İddianamede, ürgütün akademik kadrolara kendi üyelerini yerleştirmek için akademik lisans üstü eğiti sınavında (ALES) soruları ele geçirerek örgüt üyelerine sızdırdığı ve bu yolla üniversitelere 2002-2013 yılları arasında 8 bin 500 civarında akademisyen yerleştirildiği belirtildi.